নিষিদ্ধ ঘোষিত সংগঠন জামা’আতুল মুজাহিদীন বাংলাদেশের (জেএমবি) প্রধান সাইদুর রহমান নিজেকে ইসলামী চিন্তাবিদ দাবি করতো। সে জেএমবি’র দায়িত্ব নেয়ার পর জমাতের কার্যক্রম থেকে নিষ্ক্রিয় হয়ে যায়। জেএমবি’র দায়িত্ব গ্রহণের পর থেকে সে জামাতের কোনো কর্মকান্ডে সক্রিয় অংশগ্রহণ করেনি। তবে মনে-প্রাণে জামাতের আদর্শ ও শিক্ষা ধারণ করেই জেএমবি’র পরিচালনা করতো। জামাতের শীর্ষ নেতাদের সঙ্গে ভালো সম্পর্কের পাশাপাশি জামাতের রাজনীতিতে তার অনেক অবদান আছে।

এ কারণেই জেএমবি প্রধানের দায়িত্ব গ্রহণের পরও তাকে জামাত থেকে বহিষ্কার করা হয়নি। তবে দলের স্বার্থেই নিজ ইচ্ছায় জামাতের জেলা আমীরের পদ থেকে অব্যাহতি নিয়েছিলো। ২০১০ ঈসায়ী সালের মে মাসে রাজধানীর জুরাইন এলাকা থেকে মাওলানা সাইদুর রহমানকে গ্রেফতারের পর রিমান্ডে নিয়ে জিজ্ঞাসাবাদ করে ডিবি’র কর্মকর্তারা এসব পিলে চমকানো তথ্য জানতে পারেন। ডিবি’র তদন্ত কর্মকর্তাদের সূত্রে এসব তথ্য জানা গেছে। দুর্ধর্ষ সন্ত্রাসবাদী নেতা মাওলানা সাইদুরকে জিজ্ঞাসাবাদে জানা গেছে, সে মৌলভীবাজার ও হবিগঞ্জ জেলা জামাতের আমীর ছিলো।

জেলা আমীরের পদ ছাড়লেও সে জামাতের কেন্দ্রীয় মজলিসে শূরা ও ওলামা শাখার সদস্য ছিলো। এর আগে ছাত্রজীবনে মওদুদীবাদী জামাতের অঙ্গসংগঠন ছাত্রশিবিরের বিভিন্ন পদে দায়িত্ব পালন করেছে সে। বিভিন্ন সময় সে জামাত নেতা মতিউর রহমান নিজামীকে বুদ্ধি-পরামর্শও দিয়েছে। জেএমবি’র দায়িত্ব পালনকালেও জামাতের ওলামা শাখার নেতা হিসেবে ছিলো। ।