পিলখানার নারকীয় হত্যাযজ্ঞের নেপথ্যে কোনো শক্তি জড়িত কিনা তা এখনো পরিষ্কার না হওয়ায় এ নিয়ে রহস্যের জট এখনো খোলেনি। এর নেপথ্যে জঙ্গি গোষ্ঠীর জড়িত থাকার কথা শোনা গেলেও ঘটনার ‘রাজনীতিকরণ’ নিয়ে বিতর্কও কম নয়। পিলখানা হত্যাযজ্ঞে অস্ত্র-গুলি সরবরাহে ব্যবহৃত একটি পিকআপ নিয়ে কৌতূহল থেকে রহস্য দানা বাঁধলে পরে তদন্ত সংশি ষ্টরা নিশ্চিত হন সেটি বিডিআরেরই পিকআপ। এরপর সেখানে থাকা নীল রঙের একটি অচেনা প্রাইভেটকার নিয়ে নানা প্রশ্ন ও রহস্য ঘুরপাক খায় তদন্ত সংশি ষ্টদের মধ্যে এবং গোয়েন্দাদের কাছে। খোঁজখবর করে গোয়েন্দারা জানতে পারেন, ঐ প্রাইভেটকারের মালিক জোট আমলের একজন সাবেক মন্ত্রী। গোয়েন্দারা এই প্রাইভেটকারের সেখানে উপস্থিতি নিয়ে বিআরটিএতে খোঁজ করেন।
সূত্র মতে, পিলখানা থেকে বেঁচে আসা অনেকের দেয়া তথ্যে ঘটনার দিন পিলখানার ভেতরে সবুজ রঙের একটি বেসামরিক প্রাইভেটকার থাকার ক্লু মেলে। একজন মহিলা এ ব্যাপারে গোয়েন্দাদের অবগত করলে গোয়েন্দারা খোঁজখবর করেন। কিন্তু এ ব্যাপারে এখনো স্পষ্ট কোনো তথ্য মেলেনি।
দুই বিদেশী কারা ছিলেন? : পিলখানা হত্যাযজ্ঞের পরদিন ২৬ ফেব্র“য়ারি পড়ন্ত বিকালে এর ভেতর থেকে নিহত সেনা কর্মকর্তাদের পরিবারের সদস্য এবং জীবিত সেনা কর্মকর্তারা যখন বের হন তখন তাদের সঙ্গে দুই বিদেশী নাগরিক বের হয়ে আসেন। এর মধ্যে একজন পুরুষ অন্যজন মহিলা। বের হওয়ার সময় তারা সাংবাদিকদের জানান, তারা চাইনিজ নাগরিক। কিন্তু ভেতরে কার বাসায় কেন অবস্থান করেছিলেন এবং কি পরিস্থিতি দেখেছেন সে ব্যাপারে তারা কিছুই বলেননি। ঘটনার পর বিডিআর সদর দপ্তরের ভেতরে দুই বিদেশীর অবস্থান নিয়ে নানা রহস্য দেখা দিলেও তদন্ত সংশি ষ্টরা তাদের ব্যাপারে রয়েছেন একেবারেই অন্ধকারে।