চার দশক আগে বাঙালির স্বাধীনতার পথ রূদ্ধ করতে সাংবাদিকসহ বুদ্ধিজীবী হত্যা ও সাম্প্রদায়িক হত্যা-নির্যাতনের দায়ে জামায়াতে ইসলামীর এই সেক্রেটারি জেনারেলকে গত ১৭ জুলাই মৃত্যুদণ্ড দেয় ট্রাইব্যুনাল-২।
তার পক্ষে তার আইনজীবী অ্যাডভোকেট তাজুল ইসলাম রোববার সুপ্রিম কোর্টের সংশ্লিষ্ট শাখায় আপিল জমা দেন।  
তিনি সাংবাদিকদের বলেন,ট্রাইব্যুনালের রায়ের বিরুদ্ধে ১১৫টি যুক্তি তুলে ধরে মুজাহিদের খালাস চেয়েছেন তারা। এজন্য ৩ হাজার ৮০০ পৃষ্ঠার নথিপত্র জমা দিয়েছেন তারা, যার মধ্যে মূল আপিল ৯৫ পৃষ্ঠার।
এতে অ্যাডভোকেট অন রেকর্ড হিসাবে রাখা হয়েছে জয়নুল আবেদীন তুহিনকে।


অপহরণ, নিযার্তন ও হত্যাসহ মানবতাবিরোধী অপরাধের সাতটি অভিযোগের মধ্যে পাঁচটি ঘটনায় মুজাহিদের সংশ্লিষ্টতা প্রমাণিত হওয়ায় মুজাহিদকে ফাঁসিতে ঝুলিয়ে মৃত্যুদণ্ড কার্যকর করার আদেশ দেয়া হয় ট্রাইব্যুনালের রায়ে।
ট্রাইব্যুনাল-২ এর প্রধান বিচারপতি ওবায়দুল হাসান রায়ে বলেন, এ আসামির মৃত্যুদণ্ড দেয়া না হলে ন্যায়বিচার হবে না।
মুজাহিদ মুক্তিযুদ্ধের সময় পাকিস্তানি বাহিনীকে সহযোগিতা করতে গঠিত আলবদর বাহিনীর কমান্ডার ছিলেন এবং ওই বাহিনীর ওপর তার ‘কার্যকর নিয়ন্ত্রণ’ ছিল বলেও উঠে আসে ওই রায়ে।
মুজাহিদের বিরুদ্ধে প্রসিকিউশনের আনা সাতটি অভিযোগের মধ্যে ১, ৩, ৫, ৬ ও ৭ নম্বর অভিযোগ ট্রাইব্যুনালে প্রমাণিত হয়। তবে ২ ও ৪ নম্বর অভিযোগে তার সংশ্লিষ্টতা প্রমাণিত হয়নি বলে রায়ে জানানো হয়।


প্রথম অভিযোগে সাংবাদিক সিরাজুদ্দীন হোসেনকে অপরণের পর হত্যা এবং ষষ্ঠ অভিযোগে বুদ্ধিজীবীসহ গণহত্যার ষড়যন্ত্র ও ইন্ধনের অভিযোগে ফাঁসির আদেশ দেয়া হয় এই জামায়াত নেতার। একই রায় হয় সপ্তম অভিযোগে, ফরিদপুরের বকচর গ্রামে হিন্দু সম্প্রদায়ের ওপর বর্বর হামলা চালিয়ে হত্যা-নিযার্তনের ঘটনায়।
এছাড়া পঞ্চম অভিযোগে সুরকার আলতাফ মাহমুদ, গেরিলা যাদ্ধা জহিরউদ্দিন জালাল ওরফে বিচ্ছু জালাল, শহীদজননী জাহানারা ইমামের ছেলে শাফি ইমাম রুমি, বদিউজ্জামান, আবদুল হালিম চৌধুরী জুয়েল ও মাগফার আহমেদ চৌধুরী আজাদসহ কয়েকজনকে ঢাকার নাখালপাড়ায় পুরনো এমপি হোস্টেলে আটকে রেখে নির্যাতন এবং জালাল ছাড়া বাকিদের হত্যার ঘটনায় সংশ্লিষ্টতার জন্য মুজাহিদকে দেয়া হয় যাবজ্জীবন
আর তৃতীয় অভিযোগে ফরিদপুর শহরের খাবাসপুরের রণজিৎ নাথকে অপহরণ ও নির্যাতনের ঘটনায় পাঁচ বছরের কারাদণ্ড দেয়া হয় মুজাহিদকে।
তবে দ্বিতীয় অভিযোগে ফরিদপুরের চরভদ্রাসনে হিন্দু গ্রামে গণহত্যা এবং চতুর্থ অভিযোগে আলফাডাঙ্গার আবু ইউসুফ ওরফে পাখিকে আটকে রেখে নির্যাতনের ঘটনার সত্যতা পাওয়া গেলেও তাতে মুজাহিদের সংশ্লিষ্টতা প্রসিকিউশন প্রমাণ করতে পারেনি বলে রায়ে উল্লেখ করা হয়। এ দুটি অভিযোগ থেকে তাকে খালাস দেয়া হয়।


ধর্মীয় অনুভূতিতে আঘাত দেয়ার অভিযোগের একটি মামলায় ২০১০ সালের ২৯ জুন আলী আহসান মোহাম্মদ মুজাহিদকে গ্রেপ্তার করার পর ২ অগাস্ট তাকে মানবতাবিরোধী অপরাধের অভিযোগে গ্রেপ্তার দেখানো হয়।
২০১২ সালের ২১ জুন অভিযোগ গঠনের মধ্য দিয়ে মুজাহিদের যুদ্ধাপরাধের বিচার শুরু হয়।
।