বিচারপতি ওবায়দুল হাসান নেতৃত্বাধীন ট্রাইব্যুনাল-২ বৃহস্পতিবার আনুষ্ঠানিক অভিযোগ আমলে নিয়ে পরোয়ানা জারির এই আদেশ দেন।
তাদের গ্রেপ্তার করা হয়েছে কি-না সে বিষয়ে ১২ মের মধ্যে ট্রাইব্যুনালে প্রতিবেদন দিতে বলা হয়েছে।
পরে প্রসিকিউটর জেয়াদ আল মালুম বলেন, আশরাফুজ্জামান বর্তমানে যুক্তরাষ্ট্রের নিউ ইয়র্কে আছেন। আর চৌধুরী মুইনুদ্দীন রয়েছেন লন্ডনে।
ট্রাইব্যুনালের প্রসিকিউটর সাইদুর রহমান গত ২৫ এপ্রিল তদন্ত প্রতিবেদন জমা দেয়ার পর ২৮ এপ্রিল আশরাফুজ্জামান খান ও চৌধুরী মাঈনুদ্দীনের বিরুদ্ধে আনুষ্ঠানিক অভিযোগ দাখিল করেন প্রসিকিউটর মোখলেসুর রহমান বাদল।


আনুষ্ঠানিক অভিযোগে বলা হয়, আশরাফুজ্জামান খান ছিলেন ১৯৭১ সালের ১৪ ডিসেম্বর বুদ্ধিজীবী হত্যাকাণ্ডের ‘দায়িত্বপ্রাপ্ত’ আলবদর বাহিনীর ‘চিফ এক্সিকিউটর’। আর চৌধুরী মাঈনুদ্দীন ছিলেন তার ‘অপারেশন ইনচার্জ’।
তারা দুজনেই জামায়াতে ইসলামীর তখনকার সহযোগী সংগঠন  ইসলামী ছাত্রসংঘের সদস্য ছিলেন এবং বাংলাদেশের স্বাধীনতার বিপক্ষে ‘সক্রিয় অবস্থান’ নেন।
পলাতক আশরাফুজ্জামান খান ও চৌধুরী মাঈনুদ্দীনের বিরুদ্ধে ১৯৭১ সালের ১০ থেকে ১৫ ডিসেম্বর ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের নয় জন শিক্ষক, ছয় জন সাংবাদিক ও তিনজন চিকিৎসকসহ ১৮ বুদ্ধিজীবীকে অপহরণের পর নির্যাতন করে হত্যার অভিযোগ আনা হয়েছে ট্রাইব্যুনালের প্রতিবেদনে।  
তাদের বিরুদ্ধে ৫ ধরনের মানবতাবিরোধী অপরাধের মোট ১৬টি অভিযোগ রয়েছে।


এর মধ্যে একাত্তরে ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের অধ্যাপক গিয়াসউদ্দিন আহমদ, অধ্যাপক রাশিদুল হাসান, অধ্যাপক আনোয়ার পাশা, ড. আবুল খায়ের, ড. সন্তোষ ভট্টাচার্য, ড. সিরাজুল হক খান, অধ্যাপক ফয়জুল মহি, অধ্যাপক মুনীর চৌধুরী ও অধ্যাপক মোফাজ্জল হায়দার চৌধুরী, ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের আবাসিক চিকিৎসক ডা. মো. মর্তুজা, চক্ষু বিশেষজ্ঞ আব্দুল আলীম চৌধুরী ও হৃদরোগ বিশেষজ্ঞ ডা. ফজলে রাব্বী, দৈনিক ইত্তেফাকের নির্বাহী সম্পাদক সিরাজউদ্দিন হোসেন, পিপিআইয়ের প্রধান প্রতিবেদক সৈয়দ নাজমুল হক, দৈনিক পূর্বদেশের প্রধান প্রতিবেদক আ ন ম গোলাম মোস্তফা, বিবিসির সংবাদদাতা ও পিপিআইয়ের সাবেক মহাব্যবস্থাপক নিজামউদ্দিন আহমেদ, শিলালিপি পত্রিকার সম্পাদক সেলিনা পারভীন ও দৈনিক সংবাদের যুগ্ম সম্পাদক ও সাহিত্যিক শহীদুল্লাহ কায়সারকে হত্যার অভিযোগও রয়েছে।
গত বছরের ২৫ সেপ্টেম্বর আশরাফুজ্জামান ও মাঈনুদ্দীনের যুদ্ধাপরাধের তদন্ত শুরু করে ট্রাইব্যুনালের তদন্ত সংস্থা।
আশরাফুজ্জামানের গ্রামের বাড়ি গোপালগঞ্জের মুকসুদপুরের বেজড়া ভাটরা (চিলেরপাড়) গ্রামে। তার বিরুদ্ধে অভিযোগের তদন্ত করেন ট্রাইব্যুনালের তদন্ত সংস্থার কর্মকর্তা মো. শাহজাহান কবীর।
আর চৌধুরী মাঈনুদ্দীনের বাড়ি ফেনীর দাগনভুঞার চানপুরে।

তার বিরুদ্ধে অভিযোগের তদন্ত করেন মো. আতাউর রহমান।   
।