বুধবার ভোররাত সাড়ে ৩টার দিকে হাটহাজারী উপজেলার ইছাপুর গ্রামের চৌধুরী বাড়িতে অভিযান চালিয়ে তাদের গ্রেপ্তার করা হয়।
চট্টগ্রাম নগর পুলিশের পাঁচলাইশ জোনের সহকারী কমিশনার আব্দুর রউফ বিডিনিউজ টোয়েন্টিফোর ডটকমকে জানান,হারুন ও তার সহযোগী ওই গ্রামের জালাল চৌধুরীর বাড়িতে আত্মগোপন করে ছিলেন। গোপান সংবাদের ভিত্তিতে পুলিশ সেখানে অভিযান চালিয়ে তাদের গ্রেপ্তার করে।  
তবে হারুনের সহযোগীর পরিচয় জানাতে পারেননি তিনি।

গত সোমবার চট্টগ্রাম শহরের লালখান বাজার এলাকায় জামেয়াতুল উলুম আল ইসলামিয়া মাদ্রাসার চার তলা ছাত্রাবাসের তৃতীয় তলার একটি কক্ষে বড় ধরনের বিস্ফোরণ ঘটে।

এতে কমপক্ষে পাঁচ জন আহত হন। তাদের মধ্যে দুইজন হাসপাতালে চিকিৎসাধীন অবস্থায় মারা যান।
ওইদিনই  মাদ্রাসায় তল্লাশি চালিয়ে হ্যান্ড গ্রেনেড, বোমা তৈরির বিভিন্ন সরঞ্জাম ও ১৮ বোতল এসিড উদ্ধার করে পুলিশ। এ ঘটনায় খুলশী থানায় বিস্ফোরক ও এসিড আইনে দুটি মামলা হয়, যাতে মুফতি ইজাহারুল ইসলাম চৌধুরী ও তার ছেলের হারুনকে আসামি করা হয়।
চট্টগ্রাম নগর পুলিশের (সিএমপি) কমিশনার মোহাং শফিকুল ইসলাম মঙ্গলবার বিডিনিউজ টোয়েন্টিফোর ডটকমকে বলেন,“প্রাথমিক তদন্তে আমরা নিশ্চিত হয়েছি, সরকারবিরোধী আন্দোলনে ব্যবহারের জন্য ওই মাদ্রাসায় গ্রেনেড বানানো হচ্ছিল।

আর এর লক্ষ্য ছিল পুলিশ। ”
ইজাহার ও তার ছেলে ঘটনার দিন সন্ধ্যা থেকেই পলাতক ছিলেন। পুলিশ এক দিন পর হারুনকে গ্রেপ্তার করতে পারলেও ইজাহারের খোঁজ মেলেনি।  
।