অগণিত মানুষের প্রাণসংহারী খালেক স্বাধীনতা যুদ্ধে বন্দি হলেও পরে ছাড়া পায় এবং পরবর্তী সময়ে রাজনীতিতে পুনর্বাসিত হয়। ২০০১ সালের নির্বাচনে জামাত থেকে সাংসদ হিসাবে জয়ী হয়। জেএমবি’র সঙ্গেও তার সংশ্লিষ্টতার অভিযোগ রয়েছে। ২০০৫ সালের ১৭ আগস্ট দেশব্যাপী সিরিজ বোমা হামলার পর শুরু হয় পুলিশের সন্ত্রাসবাদবিরোধী অভিযান। জেএমবি সন্ত্রাসবাদ গোষ্ঠীকে প্রথম শনাক্ত করা হয় সাতক্ষীরা থেকেই।

কিন্তু সাবেক জামাত এমপি আবদুল খালেক ম-লের অবৈধ হস্তক্ষেপে বাধাগ্রস্ত হতে থাকে পুলিশের সন্ত্রাসবাদবিরোধী অভিযান। সাতক্ষীরা সদর থানার তৎকালীন ভারপ্রাপ্ত কর্মকর্তা গোলাম মোহাম্মদ সন্ত্রাসবাদবিরোধী অভিযানে প্রতিবন্ধকতার কারণে আবদুল খালেক ম-লের বিরুদ্ধে ৭টি জিডি করেন। এর পরেও খালেক ম-ল থেকে যায় ধরাছোঁয়ার বাইরে। চারদলীয় জোট শাসনামলে সরকারের ত্রাণের টিন খালেক ম-লের নির্দেশনা অনুযায়ী জামাতের অনুগত বিভিন্ন সংগঠনের নেতাকর্মীদের মধ্যে বিতরণ করার অভিযোগ উঠে। ৯ম জাতীয় সংসদ নির্বাচনে সে সাতক্ষীরা-২ (সদর) আসন থেকে নির্বাচন করে মহাজোট প্রার্থীর কাছে পরাজিত হয়।

তার বিরুদ্ধে সাতক্ষীরা আগরদাড়ি মাদরাসায় অধ্যক্ষের দায়িত্ব পালনকালে ১ লাখ ৩৬ হাজার টাকা আত্মসাতের অভিযোগও আছে। পরে ওই টাকা সে সরকারি কোষাগারে ফেরত দিতে বাধ্য হয়। ।