শনিবার কাতারভিত্তিক সম্প্রচার মাধ্যম আল জাজিরাকে দেয়া এক সাক্ষাৎকারে বলেন, আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনালের বিচারের ওপর তার আস্থা নেই।
মুঈনুদ্দীনের কাছে জানতে চাওয়া হয়েছিল আপনি তো আগে বলেছিলেন আদালতে উপস্থিত হয়ে নিজেকে নির্দোষ প্রমাণ করবেন। এখন যে বিচার প্রক্রিয়া শুরু হয়েছে তার মুখোমুখি কি আপনি হবেন?
জবাবে তিনি ‘না’ সূচক মন্তব্য করে বলেন, “কারণ সোজা কথা হলো বাংলাদেশের ওই ট্রাইব্যুনাল একটি ‘প্রহসন’ এবং তাদের পরিচালিত বিচার ‘লজ্জাজনক’। আন্তর্জাতিক সম্প্রদায়ের অনেকেই এই বিচারের প্রক্রিয়া ও মান নিয়ে প্রশ্ন তুলেছেন। দ্য ইকোনোমিস্টের অনুসন্ধানে স্পষ্টভাবে এতে দুর্নীতির বিষয়টি উঠে এসেছে।

”  
জামায়াতে ইসলামীর তখনকার সহযোগী সংগঠন ইসলামী ছাত্রসংঘের নেতা ছিলেন চৌধুরী মুঈনুদ্দীন।
বুদ্ধিজীবী নিধনের অভিযোগে গত ২৪ জুন তার বিরুদ্ধে বিরুদ্ধে আনুষ্ঠানিক অভিযোগ গঠন করা হয়। এর আগে গত ৪ জুন বিদেশে অবস্থানরত অবস্থায় তার অনুপস্থিতিতেই বিচারকাজ শুরু করার আদেশ দেয় ট্রাইব্যুনাল। এরপর ১৬ জুন তাদের বিরুদ্ধে অভিযোগ গঠনের শুনানি হয়।
আনুষ্ঠানিক অভিযোগে বলা হয়, ১৯৭১ সালে বাঙালি জাতিকে মেধাশূন্য করে দেয়ার নীলনকশা অনুযায়ী স্বাধীনতার ঠিক আগে ১৯৭১ সালের ১১ থেকে ১৫ ডিসেম্বরের মধ্যে বুদ্ধিজীবী হত্যাকাণ্ডের দায়িত্বপ্রাপ্ত আলবদর বাহিনীর চিফ এক্সিকিউটর ছিলেন আশরাফুজ্জামান খান।

চৌধুরী মুঈনুদ্দীন ছিলেন সেই পরিকল্পনার অপারেশন ইনচার্জ।
চৌধুরী মুঈনুদ্দীনের বাড়ি ফেনীর দাগনভুঞার চানপুরে। তার বিরুদ্ধে অভিযোগের তদন্ত করেন মো. আতাউর রহমান।
আল জাজিরার পক্ষে ওই সাক্ষাৎকারটি নেন জোনা হল। চৌধুরী মুঈনুদ্দীনের কাছে তার বিরুদ্ধে আনা অভিযোগের বিষয়ে জানতে চাইলে তিনি বলেন, “হ্যাঁ এটা সত্য যে আমি পাকিস্তানের অখণ্ডতাকে সমর্থন করেছিলাম।

কিন্তু একটা সার্বভৌম রাষ্ট্রকে সমর্থন করা এক কথা, আর অপরাধে যুক্ত থাকা ভিন্ন বিষয়। ”
“আমি ১৯৭১ সালে বা তার পর থেকে কোনো ধরনের অপরাধমূলক কর্মকাণ্ডের সঙ্গে জড়িত ছিলাম না। মূলত, আমি এমনকি সামরিক পদক্ষেপেরও সমর্থক ছিলাম না এবং সামরিক হামলার পর আমি সব পদ থেকে পদত্যাগ করি। ”
।