শেষ বিদায়ে রাষ্ট্রীয় মর্যাদায় সিক্ত কবীর চৌধুরীপারিবারিক সূত্রে জানা গেছে, মৃত্যুর আগেই কবীর চৌধুরী তাঁর মৃত্যু-পরবর্তী করণীয় সম্পর্কে শেষ ইচ্ছার কথা লিখে গেছেন। তাঁর শেষকৃত্য নিয়ে কোনো ধরনের আড়ম্বরপূর্ণ আয়োজন হোক, তা তিনি চাননি। তাঁর সেই ইচ্ছার প্রতি শ্রদ্ধা রেখে কবীর চৌধুরীর মরদেহ কেন্দ্রীয় শহীদ মিনারে নেওয়া হয়নি। তবে তিনি চেয়েছিলেন শেষবারের মতো তাঁর দীর্ঘদিনের কর্মস্থল ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয় প্রাঙ্গণে যেতে। সেই ইচ্ছাতেই ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয় মসজিদে বাদ আসর তাঁর জানাজা অনুষ্ঠিত হয়। জানাজা শেষে তাঁকে গার্ড অব অনার দেওয়া দেওয়া হয়। এরপর বিশ্ববিদ্যালয়েরউপাচার্য আ আ ম স আরেফিন সিদ্দিক, ডেপুটি স্পিকার শওকত আলী, শিক্ষামন্ত্রী নুরুল ইসলাম নাহিদসহ বিশ্ববিদ্যালয়েরবিভিন্ন শিক্ষক, সাংস্কৃতিক সংগঠন ও ব্যক্তি এবং সর্বস্তরের মানুষ ফুল দিয়ে তাঁর প্রতি শ্রদ্ধা জানান। এরপর মরদেহ দাফনের উদ্দেশে শহীদ বুদ্ধিজীবী গোরস্থানে নিয়ে যাওয়া হয় ।