একাত্তরে হত্যাসহ নানা অপরাধে জামায়াতে ইসলামীর সহকারী সেক্রেটারি জেনারেল আবদুল কাদের মোল্লার বিরুদ্ধে আন্তর্জাতিক অপরাধ টাইব্যুনালে ছয়টি অভিযোগ গঠন করা হয়। বিচারে প্রমাণিত হয় পাঁচটি অভিযোগ। এর মধ্যে পঞ্চম ও ষষ্ঠ অভিযোগে ট্রাইব্যুনালে যাবজ্জীবন দণ্ড দেওয়া হয় কাদের মোল্লাকে। আর প্রথম, দ্বিতীয় ও তৃতীয় অভিযোগে আসামিকে ১৫ বছর করে কারাদণ্ড দেন ট্রাইব্যুনাল। তবে প্রমাণিত না হওয়ায় চতুর্থ অভিযোগ থেকে অভিযুক্তকে অব্যাহতি দেন বিচারিক আদালত। কিন্তু সব অভিযোগই প্রমাণিত হয় সুপ্রিমকোর্টের আপিল বিভাগে। প্রথম, দ্বিতীয়, তৃতীয় ও পঞ্চম অভিযোগে বিচারিক আদালতের রায় বহাল রাখেন আপিল বিভাগ। তবে চতুর্থ অভিযোগে যাবজ্জীবন দণ্ড দেন সুপ্রিমকোর্ট। আর ষষ্ঠ অভিযোগে দেওয়া হয় ফাঁসির আদেশ। কাদের মোল্লার বিরুদ্ধে প্রথম অভিযোগে বলা হয়, তিনি ১৯৭১ সালের ৫ এপ্রিল ঢাকার মিরপুর বাঙলা কলেজের ছাত্র পল্লবকে গুলি করে হত্যার নির্দেশ দেন। দ্বিতীয় অভিযোগে বলা হয়, ১৯৭১ সালের ২৭ মার্চ কাদের মোল্লা তার সহযোগীদের নিয়ে কবি মেহেরুন্নেসা, তার মা এবং দুই ভাইকে হত্যা করেন। তৃতীয় অভিযোগ হচ্ছে, ১৯৭১ সালের ২৯ মার্চ সাংবাদিক খন্দকার আবু তালেবকে ঢাকার আরামবাগ এলাকা থেকে কাদের মোল্লা ও তার সহযোগীরা জবাই করে হত্যা করেন। চতুর্থ অভিযোগে, ১৯৭১ সালের ২৫ নভেম্বর কাদের মোল্লা তার সহযোগী আলবদর বাহিনীর সদস্যসহ পাকিস্তানি সেনাদের সঙ্গে নিয়ে ভাওয়াল খানবাড়ি ও ঘাটারচর (শহীদনগর) এবং পাশর্্ববর্তী দুটি গ্রামে যান। সেখানে কাদের মোল্লা ও তার সহযোগীরা হামলা চালিয়ে অনেক নিরস্ত্র গ্রামবাসীকে হত্যা করেন। পঞ্চম অভিযোগ অনুসারে, ১৯৭১ সালের ২৪ এপ্রিল পাকিস্তানি সেনা ও অবাঙালি রাজাকারদের সঙ্গে নিয়ে কাদের মোল্লা মিরপুরের আলোকদী গ্রামে হামলা চালান। এতে ৩৪৪ জনের বেশি মানুষ নিহত হন। ষষ্ঠ অভিযোগ অনুযায়ী, ১৯৭১ সালের ২৬ মার্চ কাদের মোল্লা, তার সহযোগী ও পাকিস্তানি সেনারা মিরপুরের ১২ নম্বর সেকশনে হযরত আলী লস্করের বাসায় যান। সেখানে কাদের মোল্লার নির্দেশে হযরত আলী, তার স্ত্রী, দুই মেয়ে ও দুই বছরের এক ছেলেকে হত্যা করা হয়। আরেক মেয়েকে করা হয় ধর্ষণ।